Az 1906. évi athéni olimpia rendkívülinek bizonyult, mivel szervezői nem tartották be a játékok közötti hagyományos négyéves szünet követelményét. Ezért az Olimpiat még a Nemzetközi Olimpiai Bizottság sem hivatalosan elismerte.
Az 1906-os játékokat az első olimpia tizedik évfordulója tiszteletére tartották, amelyre Athénban is sor került. A két esemény közötti kapcsolat további hangsúlyozása érdekében az olimpia szervezői ugyanazt a versenyrendszert választották, mint 1896-ban. A versenyek nagyrészt a Márvány Stadionon zajlottak.
Először, amikor Görögországból érkezett javaslat az olimpia rendezésére 1906-ban, a NOB nem kategorikusan utasította el. A helyzet az, hogy addigra az olimpiai játékok presztízsét esett, és a közönség már nem mutatta ki korábbi érdeklődését rájuk. Az olimpiai mozgalom végső összeomlásának megakadályozása érdekében intézkedéseket kellett tenni, és már nem lehetett 1908-ig várni. És bár a NOB később megtagadja az 1906-os olimpia elismerését, a játékok megmentésére hívják, amely lehetővé tette a nyilvánosság és különösen a sportolók érdeklődésének visszavonását a rendezvényre, hogy támogassa a mozgalmat és annak ötletet.
A nehézséget az is okozta, hogy a hagyomány szerint az olimpia a világ különböző országaiban zajlott, de 1906-ban a rendezvényt Görögországban tervezték megrendezni, ami a NOB tagjai elégedetlenségét váltotta ki. Így vagy úgy, de április 22-én megrendezésre került a játékok nagyszabású megnyitója. Mivel a média nagy figyelmet fordított az 1906-os olimpiára, sok sportoló és vendég érkezett Athénba.
Az eseményen 20 országból mintegy 900 sportoló vett részt, köztük hét nő. Az 1906-os olimpia keretében a következő sportágakban zajlottak versenyek: súlyemelés, görög-római birkózás, kerítés, evezés, vitorlázás, úszás, búvárkodás, atlétika, pad- és golyó lövészet, kerékpározás és tenisz. Sajnos, mivel a NOB nem ismerte el az 1906-os olimpiát, a résztvevők által kapott összes díj érvénytelen volt, és a jövőben nem vették figyelembe.
Az olimpia záró ünnepségére május 2-án került sor. A rendezvény után annak eredményeit sokáig megvitatták a különböző országokban, ami jelentősen növelte a közönség játék iránti érdeklődését. Ez különösen az 1908. évi londoni olimpián tapasztalható meg, amelyen több mint 2000 sportoló vett részt.